Gdy templariusze próbują przejąć całkowitą kontrolę nad rodzącym się państwem i atakują wioskę Indian, Ratonhnhaké:ton zostaje wplątany w konflikt między templariuszami a asasynami.
Historia Ratonhnhaké:tona rozgrywa się na przestrzeni nieco ponad dwóch dekad – od jego dzieciństwa w roku 1760 do zakończenia wojny o niepodległość w roku 1783. Poza Nowym Jorkiem i Bostonem, odwiedzić można leżące na pograniczu osady Lexington i Concord. Na krótką chwilę, podczas wykonywania jednej z misji morskich, akcja przenosi się również do Filadelfii.
Postacie Głównym bohaterem gry jest Ratonhnhaké:ton, posługujący się mianem Connor Kenway (Noah Watts), przodek Desmonda Milesa (Nolan North). Wśród współczesnych bohaterów znajdują się ojciec Desmonda William Miles (John de Lancie), asasyni Shaun Hastings (Danny Wallace) i Rebecca Crane (Eliza Jane Schneider), templariusze Daniel Cross (Danny Blanco Hall) i Warren Vidic (Phil Proctor) oraz Minerwa (Margaret Easley) i Junona (Nadia Verrucci) reprezentujące Tych, Którzy Byli przed Nami.