związał się z kabalistą Natanem z Gazy, który uroczyście w synagodze potwierdził jego mandat mesjański. On też pełnił najważniejszą rolę w otoczeniu Szabetaja, jako swego rodzaju prorok mesjasza. Datę zbawienia wyznaczył Szabetaj na rok 1666. W lutym tego roku aresztowano go na podstawie donosu i osadzono w twierdzy Gallipoli. 16 września podczas audiencji na dworze sułtana, której szczegółów nie znamy, przeszedł na islam. Tolerancja za strony władz osmańskich się skończyła, gdy zaczął szerzyć swą synkretyczną doktrynę wśród muzułmanów. W 1673 roku został na podstawie donosu ponownie aresztowany i osadzony w twierdzy Dulcigno (dzisiejszy Ulcinj), gdzie przebywał do końca życia i gdzie zmarł.
Nauka Nauczanie Szabetaja Cewiego w różnych okresach jego życia miało odmienny kształt, ponadto nieraz inne stanowisko prezentował Natan z Gazy, który wypowiadał się oficjalnie na temat objawionej wiedzy mesjasza. Stąd często nie wiemy, jaka część doktryny mesjańskiej pochodzi od samego Szabetaja. Swoje mesjańskie roszczenia Szabetaj opierał na objawieniu bożym. Jeszcze przed apostazją mesjasza interpretacja Natana z Gazy wyglądała następująco: W chwili przyjścia mesjasza zakończony został proces tikkun – odkupienie wedle kabały luriańskiej. W związku z tym przestaje obowiązywać prawo żydowskie, a jedynym prawodawcą staje się mesjasz.