14 sierpnia 1998 roku dotychczasowy instytut został przekształcony w Wydział Wychowania Fizycznego i Fizjoterapii, stając się piątym wydziałem na uczelniZarządzenie nr 12 Ministra Edukacji Narodowej dotyczące przekształcenia Instytut Wychowania Fizycznego i Fizjoterapii Politechniki Opolskiej w Wydział Wychowania Fizycznego i Fizjoterapii Politechniki Opolskiej.. Rok później uruchomiono na nim nowy kierunek studiów – fizjoterapię, a w 2001 roku – turystykę i rekreację.
Od 2001 roku prowadzono rozmowy polegające na przejęciu od miasta terenów po dawnej jednostce wojskowej przy ulicy Pruszkowskiej 76, w której miano ulokować II Kampus Politechniki Opolskiej z Wydziałem Wychowania Fizycznego i Fizjoterapii, co uwieńczone zostało 11 lipca 2003 roku. Przeprowadzka z dotychczasowej siedziby przy ul. Działkowej 4 na ul. Prószkowską nastąpiła w 2005 roku.
Władze (2020-2024) Dziekan: dr hab. Dawid Bączkowicz Prodziekan ds. współpracy i rozwoju: dr Dariusz Nawarecki Prodziekan ds. dydaktyki: dr Edyta Majorczyk