XI–XVIII w. thumb|200px|Cerkiew św. Mikołaja w Tallinnie thumb|200px|Sobór św. Aleksandra Newskiego w Tallinnie – najważniejsza świątynia prawosławna wzniesiona w ramach propagowania prawosławia na ziemiach estońskich i próby ich rusyfikacji podjętej w ostatnich dekadach istnienia Imperium Rosyjskiego Pierwsze informacje o obecności prawosławia na ziemiach estońskich pochodzą z XI w. W 1030 wojska ruskie zajęły Tarbatu (dzisiejsze Tartu), nadając mu nazwę Jurjew i wznosząc w nim kilka prawosławnych cerkwi. Ruskie dokumenty z XI i XII w. wymieniają kilka imion biskupów jurjewskich. W 1210 mnisi prawosławni prowadzili działalność misyjną na południowych ziemiach estońskich. W średniowieczu w handlowych miastach (należących do Hanzy) na terenie dzisiejszej Estonii funkcjonowały cerkwie wznoszone na potrzeby kupców z Pskowa i Nowogrodu. W miarę ekspansji kawalerów mieczowych prawosławie było wypierane przez katolicyzm. W 1468 wyznawcy prawosławia zostali wypędzeni z Dorpatu, zaś miejscowych duchowny imieniem Izydor zamordowanyIzydor został następnie kanonizowany przez Rosyjski Kościół Prawosławny i jest czczony jako św. Izydor Jurjewski..