Hal ‘Otacon’ Emmerich – główny programista Metal Gear REXa oraz „Ninja”, tajemniczy cybernetyczny agent, który sam siebie nie określa ani jako przyjaciela, ani jako wroga w stosunku do Solid Snake’a.
Fabuła Wydarzenia w grze rozgrywają się w 2005 roku, sześć lat po wydarzeniach z Metal Gear 2: Solid Snake. Siły Specjalne Następnej Generacji (Next-Generation Special Forces) dowodzone przez elitarny oddział żołnierzy Foxhound przejmują bazę nuklearną na wyspie Shadow Moses w archipelagu Wysp Lisich (Fox Islands) na Alasce. Rebelianci prowadzeni przez najemnika, znanego jako Liquid Snake, są tym samym w posiadaniu broni jądrowej – mecha o nazwie Metal Gear REX i grożą rządowi USA atakiem nuklearnym, jeśli nie otrzymają miliarda dolarów oraz ciała najpotężniejszego żołnierza wszech czasów, Big Bossa, w ciągu 24 godzin. Planują wykorzystać je do wzmocnienia genów przyszłych żołnierzy sił specjalnych, eliminując te najsłabsze, a pozostawiając jedynie „geny żołnierzy”.