Na prośbę ministra obrony, emerytowany pułkownik Roy Campbell wraca do służby, aby dowodzić operacją. Postanawia on ponownie zwerbować do akcji Solid Snake'a. Jego zadaniem jest uratowanie dwóch zakładników – Donalda Andersona (szef DARPA) oraz Kennetha Bakera (prezes firmy zbrojeniowej ArmsTech), poznanie gotowości terrorystów do ewentualnego ataku nuklearnego oraz powstrzymanie ich, jeśli posiadają taką możliwość. Córka płk. Campbella – wtedy uważana za jego siostrzenicę – Meryl Silverburgh również jest przetrzymywana w bazie z powodu odmowy przyłączenia się do rebelii. Snake dostaje się do obiektu poprzez otwór wentylacyjny, po czym odnajduje Andersona uwięzionego w celi. Informuje on protagonistę o obecności Metal Gear REXa na terenie bazy, o dwóch kodach potrzebnych do aktywacji jego głowic nuklearnych oraz o specjalnej karcie PAL (Powered Access License) będącej alternatywą dla kodów. Chwilę później Anderson umiera na atak serca. Więzionej w sąsiedniej celi Meryl udaje się uwolnić, po czym wraz ze Snake'iem walczy ze strażnikami. Po odparciu ataku ucieka, ponieważ nie jest świadoma, że człowiek, któremu właśnie pomogła to legendarny Solid Snake. Następnie Snake odnajduje Bakera.