Podczas uwalniania go, pojawia się Revolver Ocelot i wyzywa komandosa na pojedynek, który zostaje przerwany przez tajemniczego cyborga ninja, który odcina prawą rękę Ocelota. Baker przekazuje Snake’owi informacje o projekcie Metal Gear i radzi mu, aby skontaktował się z Meryl, która posiada jego kartę PAL po czym, podobnie jak Anderson, umiera na atak serca.
Snake kontaktuje się z Meryl poprzez codec i dowiaduje się jak dotrzeć do projektanta Metal Geara, doktora Hala „Otacona" Emmericha. W drodze do podziemnego laboratorium, miejsca badań doktora, Snake odbiera anonimowe połączenie. Tajemniczy głos przedstawia się jako „Deepthroat” i ostrzega o nadchodzącej zasadzce. Zaraz po tej informacji, Snake zostaje zaatakowany przez czołg prowadzony przez Vulcan Reaven’a, ale udaje mu się go zniszczyć (tym samym chwilowo powstrzymując wroga), po czym rusza w dalszą podróż. Lokalizuje Otacona w jego laboratorium i ponownie spotyka cybernetycznego ninja, w którym rozpoznaje dawnego kompana – Gray Foxa, o którym sądził, że nie żyje. Otacon zgadza się pomóc Snake’owi zdalnie, używając specjalnego kamuflażu, który pozwala mu pozostać niewidocznym. Snake spotyka się z Meryl, która przekazuje mu kartę PAL Bakera.