W drodze do podziemi bazy Meryl zostaje opętana przez psychokinetyczne moce Psycho Mantisa i próbuje zabić Snake’a, jednak ten pokonuje Mantisa. Umierający oponent otwiera Snake’owi tajne przejście oraz informuje go m.in., że zajmuje on „szczególne miejsce” w sercu Meryl. U wejścia do podziemi, dwójka zostaje zaatakowana przez Sniper Wolfa – Meryl zostaje postrzelona, a Snake porwany.
Liquid utwierdza uwięzionego Snake'a w przekonaniu, że są braćmi bliźniakami. Snake jest następnie torturowany przez Ocelota, a gracz może wybrać, czy dalej opierać się torturom. Gdy Snake zostaje zabrany do celi, odkrywa ciało Andersona w stanie zaawansowanego rozkładu. Ostatecznie Snake ucieka z celi. Docierając do wieży łączności zostaje zaatakowany przez śmigłowiec pilotowany przez Liquida, jednak szybko go pokonuje. Po wydostaniu się z wieży po raz kolejny atakuje Sniper Wolf. Tym razem jednak Snake pokonuje ją i zabija – ku rozpaczy Otacona, który był w niej potajemnie zakochany.