W drodze do hangaru, w którym trzymany jest Metal Gear REX, Snake zostaje zmuszony do walki z Vulcan Ravenem. Protagonista pokonuje przeciwnika na terenie chłodni. Umierając, Raven ujawnia, że człowiekiem, który zmarł wcześniej na oczach Snake’a, nie był Anderson, ale Decoy Octopus, członek Foxhound i mistrz kamuflażu. Raven zostawia Snake'a z tajemniczym przesłaniem jego brutalnej przyszłości, po czym zostaje pożarty przez kruki.
Infiltrując hangar, Snake podsłuchuje Liquida i Ocelota przygotowujących sekwencję uruchomienia Metal Gear REXa. Myśląc, że dezaktywuje go za pomocą trzykrotnego użycia karty PAL, Snake tak naprawdę uruchamia Metal Geara. Liquid łączy się przez codec ze Snake'iem informując go, że od początku operacji udawał Master Millera – jednego z ludzi wspierających misję. Okazuje się, że cała misja była zmanipulowana przez rebeliantów tak, aby Snake nieświadomie pomógł im w uruchomieniu broni jądrowej. Ujawnia ponadto, że zarówno on jak i Snake są „produktami” sponsorowanego przez rząd projektu z lat 70. o nazwie Les Enfants Terribles, mającego na celu sklonowanie Big Bossa. Liquid wyjaśnia też, że Snake otrzymał wszystkie geny dominujące, a on wszystkie recesywne.