W sezonie 2006/2007 Hanyū rywalizował w mistrzostwach Japonii w kategorii Junior Młodszy A, gdzie zdobył brązowy medal. Został również zaproszony do udziału w mistrzostwach Japonii juniorów, gdzie zajął 7. miejsce. W następnym sezonie zdobył mistrzostwo Japonii w kategorii Junior Młodszy A oraz wywalczył brązowy medal w mistrzostwach Japonii juniorów.
Kariera juniorska thumb|Finał Junior Grand Prix 2009
W sezonie 2008/2009 Hanyū przeszedł do grona juniorów i zadebiutował w junior Grand Prix. W swoich pierwszych zawodach serii we włoskim Merano zajął 5. miejsce. Po swoim juniorskim debiucie w cyklu Grand Prix, Hanyū wywalczył złoty medal na mistrzostwach Japonii juniorów. Występ ten zagwarantował mu udział w mistrzostwach świata juniorów, jak również zaproszenie do udziału w mistrzostwach Japonii w kategorii seniorów, gdzie zajął 8. miejsce. Mistrzostwa świata juniorów w 2009 Hanyū ukończył na 12. pozycji.
W sezonie 2009/2010 Hanyū zwyciężył we wszystkich zawodach w kategorii juniorów, w których brał udział. Tym samym wygrał on zawody cyklu junior Grand Prix w Chorwacji i Polsce oraz finał tego cyklu. W tym też sezonie wywalczył tytuły mistrza Japonii i świata wśród juniorów. Dobre rezultaty zagwarantowały mu również udział w mistrzostwach Japonii w kategorii seniorów, gdzie zajął 6.