Przeprowadzone w 1965 wybory powszechne jedynie powiększyły zamieszanie na scenie politycznej i wprowadziły kraj na drogę wiodącą wprost do wojny domowej. Dominująca NPC stworzyła sojusz z nową partią Jorubów (NNDP), zaś partia Igbo (NCNC) zjednoczyła się z pozostałościami ugrupowania AG. Podczas wyborów powszechnie padały oskarżenia o oszustwa. W zamieszkanych przez Jorubów zachodnich regionach kraju wybuchły zamieszki, gdy okazało się, że w głosowaniu na tym terenie zwyciężyła prorządowa NNDP. Państwu zagroził kryzys ustrojowy, gdy prezydent Nnamdi Azikiwe nie zaakceptował wyników wyborów.
15 stycznia 1966 mała grupka oficerów, wywodzących się przeważnie z Igbo, dokonała zamachu stanu i obaliła rząd NPC-NNDP, zabijając przy tym premiera federacji i premierów północnych i zachodnich prowincji. Nowo utworzony wojskowy rząd federalny, pod przywództwem generała Aguyi Ironsiego, który przejął władzę, nie był w stanie uspokoić niepokojów na tle etnicznym i zaproponować konstytucji, która zostałaby zaakceptowana przez wszystkie części federacji. Jego starania zmierzające do zniesienia federalnego charakteru państwa jedynie wzmogły niezadowolenie i doprowadziły do kolejnego zamachu stanu, przeprowadzonego dla odmiany przez oficerów z północy. Przewrót ten wyniósł do władzy generała-majora Yakubu Gowona.