Niedługo potem na północy państwa, w masakrach zginęło kilka tysięcy Igbo, co skłoniło setki tysięcy ich pobratymców do ucieczki na południowy wschód kraju, gdzie coraz popularniejsza stawała się myśl o secesji od Nigerii.

Rząd, chcąc zaspokoić dążenia mniejszości etnicznych do większej autonomii, podzielił cztery regiony federacji na dwanaście stanów. Pomimo tych ustępstw Igbo odrzucali plany zmian w konstytucji i naciskali na przyznanie im pełnej niezależności. Ostatecznie 29 maja 1967 podpułkownik Emeka Ojukwu, sprawujący funkcję wojskowego gubernatora regionu wschodniego, a przy tym lider separatystycznego ruchu Igbo, proklamował niepodległość wschodniego regionu Nigerii jako Republiki Biafry. Wojna domowa, która wybuchła w następstwie tych wydarzeń, pochłonęła, jak się ocenia nawet do dwóch milionów ofiar, głównie cywilnych„ICE Case Studies: The Biafran War”. American University: ICE Case Studies. American University. 1997., zakończyła się w 1970 stłumieniem separatyzmu.