Zanim to nastąpiło jego programowanie odbywało się wyłącznie w języku wewnętrznym.
W skład zestawu podstawowego wchodziły: jednostka arytmetyczno-logiczna (JAL) z ferrytową pamięcią operacyjną (PAO) o wielkości 8k układem przerwań priorytetowych (UPP) układem wejścia-wyjścia: kanał standardowy kanał przemysłowym kanał bezpośredniego dostępu do pamięci DMA czytnik taśmy papierowej perforator taśmy papierowej urządzenie piszące (Teletype) Istniała możliwość zmiany standardowej konfiguracji systemu między innymi poprzez rozbudowę pamięci operacyjnej maksymalnie do 32 k (w blokach po 4 k), dodanie zewnętrznej pamięci: dyskowej oraz pamięci taśmowej z zapisem danych na taśmie magnetycznej. System MKJ-25 do sterowania procesami technologicznymi wymagał dołączenia odpowiedniego urządzenia sprzęgającego z obiektem UZO-4, z którym (z kartami urządzenia UZO-4) jednostka arytmetyczno-logiczna komunikowała się poprzez kanał przemysłowy.