Układ sterowania komputera, który odpowiadał interpretacji rozkazów maszynowych, posługiwał się rejestrem rozkazów (16-bitów) i licznikiem rozkazów (15-bitów). JAL odpowiadała za realizację operacji arytmetycznych i logicznych na liczbach pamiętanych w kodzie uzupełnień do dwóch, przy czym mogły być one wykonywane na słowach zarówno 16-bitowych jak i 32-bitowych. To jaka operacja ma zostać wykonana określał rejestr mikrooperacji do którego z pamięci operacyjnej pobierany był kod operacji (zapisane w zerowym bloku pamięci operacyjnej). MKJ-25 miał cztery 16-bitowe rejestry arytmetyczne: RA, RB, RC, RD. Każdy z tych rejestrów dostępny był programowo, przy czym zawartość rejestrów RA i RB wyświetlana była na bieżąco na pulpicie operatora maszyny. Adres komórki PAO określany był na podstawie 12-bitowego numeru komórki w bloku adresowanym 3 bitowym numerem.