Następca Mikołaja I, Aleksander II, zliberalizował politykę wobec starowierców. Jego następca Aleksander III również zezwalał im na budowę i remonty świątyń. Po 1883 odnowione zostały budynki sakralne w Tartu, Kallaste, Kasepää, Kükita i w Raji. W tym samym okresie liczba staroobrzędowców na ziemiach estońskich zaczęła ponownie rosnąć wskutek migracji osób tego wyznania z innych guberni rosyjskichP. Adamczewski, Zarys historii staroobrzędowców w Estonii [w:] .
W pierwszej połowie XIX stulecia większość staroobrzędowców z ziem estońskich należała do warstwy chłopskiej, mniejsza grupa zajmowała się kupiectwem. Od lat 80. XIX w., gdy w Rosji nastąpił szybki rozwój przemysłu, starowiercy estońscy zaczęli przenosić się do miast.
XX w. W 1905 car Mikołaj II ogłosił ukaz o tolerancji religijnej, który pozwolił staroobrzędowcom uzyskać pełnię praw obywatelskich. Od 1907 do 1913 dzięki jego postanowieniom w Estonii zarejestrowano sześć gmin staroobrzędowych.