W niepodległej Estonii 200px|right|thumb|Zbudowana od podstaw w dwudziestoleciu międzywojennym molenna w Mustvee W niepodległej Estonii konstytucja przewidywała równość wszystkich wyznań, co gwarantowało starowiercom pełną swobodę religijną. Ich przedstawiciele byli aktywni w życiu społecznym i politycznym kraju. W II i III kadencji Rikikogu jednym z deputowanych był poseł staroobrzędowy z okręgu regionu jeziora Pejpus. Według spisu powszechnego z 1922 na terenie kraju zamieszkiwało 10 tys. starowiercówP. Adamczewski, Zarys historii staroobrzędowców w Estonii [w:] .
W 1928 na V zjeździe staroobrzędowców Estonii w Kallaste funkcjonujące gminy zjednoczyły się w Staroobrzędową Cerkiew Estonii (inna nazwa: Związek Cerkwi Staroobrzędowców), która do 1940 koordynowała działalność starowierskich placówek duszpasterskich w kraju, opiekowała się majątkiem kościelnym, rozstrzygała spory kanoniczne i prowadziła działalność katechetyczną oraz propagowała swoje wyznanie. Starała się ponadto zahamować proces laicyzacji, jaki stał się zauważalny w tradycyjnym skupisku staroobrzędowców nad jeziorem Pejpus. W latach 30.