XX wieku przeprowadzono również remonty w kilku molennach oraz wzniesioną nową w Mustvee.
II wojna światowa i okres przynależności Estonii do ZSRR Po aneksji Estonii do ZSRR, a następnie agresji III Rzeszy przeciwko temu państwu znaczna część staroobrzędowców została zmuszona do wyjazdu w głąb Związku Radzieckiego. Pozostali na miejscu starowiercy unikali kolaboracji z Niemcami. W okresie wojny zniszczone zostały niektóre świątynie staroobrzędowe, m.in. molenna w Tartu, która spłonęła wskutek bombardowania w 1941.
W pierwszych latach po zakończeniu działań wojennych staroobrzędowcy odremontowali kilka obiektów sakralnych. W kolejnych dekadach, pod wpływem antyreligijnej polityki państwowej, ich liczba i aktywność malała. W propagandzie radzieckiej w Estonii starowierców przedstawiano jako ludzi ciemnych i sekciarzy. Młodzież ze wsi tradycyjnie zamieszkiwanych przez staroobrzędowców przenosiła się do miast i laicyzowała.