W roku 2002 w wyniku kolejnych przekształceń własnościowych operatorem Magistrali została spółka PCC Śląskie Linie Kolejowe, należąca do niemieckiej grupy kapitałowej PCC AG.
Infrastruktura Magistrali, poza doraźnymi remontami wynikającymi z powstawania szkód górniczych, nie podlegała istotnym modernizacjom. Okres wiosennych roztopów powodował częste zalania torowiska Magistrali, które na odcinku Mysłowice – Borki przebiegała w wykopie. Z powodu zalania torowiska w obrębie przystanku służbowego Sosnowieckie Mosty, w latach 2000–2006 ruch kolejowy wstrzymywano, wytyczając objazdy pociągów przez łącznicę nr 202a Katowice Dąbrówka Mała – podg Borki.
Od roku 2000 stopniowo zawieszano kursowanie pociągów z materiałem podsadzkowym na zachodnim odgałęzieniu Magistrali Północnej (od stacji Zygmunt August do szybu Piast KWK Polska w Chorzowie). W maju 2000 zlikwidowano jednotorowy odcinek podg Łagiewniki – szyb Piast KWK Polska.