W 2005 zlikwidowano podg Karol Miarka, zaś w roku 2007 zlikwidowano tor dojazdowy do Haldex Szombierki i szybu KWK Rozbark, tracąc połączenie stykowe z siecią KP Kotlarnia.
Od maja do grudnia 2007 wykonano awaryjne usunięcie szkód górniczych w torze szlakowym na odcinku Zygmunt August – podg Barbara oraz Borki – Siemianowice.
W wyniku trwającego spadku przewozów towarowych na przełomie 2003/2004 roku zdemontowano drugi tor szlakowy od podg Borki do podg Bańgów. W styczniu 2005 zlikwidowano podg Bańgów, przenosząc powiązanie z Błędowską Magistralą Piaskową na pbocz. Siemianowice. Na przełomie stycznia i lutego 2007 roku zdemontowano drugi tor szlakowy Magistrali od podg Borki do podg JCB. Odcinek dwutorowy zachowano pomiędzy pbocz. Siemianowice i stacją Zygmunt August.
W roku 2008 podniesiono torowisko pbocz. Siemianowice oraz dobudowano piętro tego posterunku, a także zabudowano przekaźnikowe urządzenia nastawcze. W drugiej połowie 2009 roku murowany parterowy budynek podg Barbara zastąpiono kontenerem dwukondygnacyjnym.
Od 16 marca 2010 r. zarządcą infrastruktury kolejowej Magistrali jest spółka Infra SILESIA S.A. w Rybniku, należąca do grupy DB Schenker Rail Polska.