W sierpniu tego samego roku uformował Konstytuantę która miała opracować nową konstytucję. Dokument państwowy został upubliczniony w maju 1973 roku. Przewidywał on kontynuację rządów prezydenckich, wsparcie dla autonomii regionalnej na południu. Islam wedle ustawy stał się religią państwową Sudanu, niemniej jednak chrześcijaństwo zostało uwzględnione w konstytucji jako religia wielu obywateli Sudanu.
Na przestrzeni lat 1973 i 1974 wzrosło niezadowolenie z rządów junty (także pośród żołnierzy). Rząd stał się niepopularny szczególnie pośród islamskich konserwatystów którzy uznali porozumienie z południem za zdradę. W 1973 i 1974 roku doszło do dwóch nieudanych prób zamachu stanu. W kraju wybuchły strajki islamistycznych i lewicowych studentów. We wrześniu 1974 roku an-Numajri zareagował na niepokoje, ogłaszając stan wyjątkowy. Stan został wykorzystany przez prezydenta do aresztowań pośród dysydentów i czystki w armii. W 1974 roku utworzony został Front Narodowy powiązany ze środowiskiem Sadika al-Mahdiego. W lipcu 1976 roku członkowie ruchu zainspirowali kolejną próbę puczu. Wsparty przez Libię zamach został stłamszony, a ponad 700 rebeliantów zginęło. W wyniku kolejnych represji do więzień trafiło dziesiątki dysydentów i przywódców religijnych.