Klęska wyborcza przyczyniła się do zaostrzenia kursu junty i wstrzymania procesu demokratyzacji. thumb|200px|An-Numajri w trakcie wizyty w Stanach Zjednoczonych w 1983 roku W połowie 1983 roku na południu kraju utworzona została Ludowa Armia Wyzwolenia Sudanu. Frakcja ta reprezentowała interesy nieislamskiej ludności kraju. Prezydent sprzeciwiał się niepodległościowym dążeniom południowców, co doprowadziło do wybuchu II wojny domowej. Partyzantów wsparł oraz zezwolił na utworzenie baz na terenie własnego kraju prezydent Etiopii Mengystu Hajle Marjam, co było między innymi odpowiedzią na wsparcie sudańskie dla erytrejskich separatystówGuarak, Mawut Achiecque Mach. Integration and Fragmentation of the Sudan: An African Renaissance. Bloomington, IN: AuthorHouse, 2011. s. 252-253.