Jednak dzięki bezpośredniej interwencji Międzynarodówki Komunistycznej (zapoczątkowanej przez Stalina), polityka ta została szybko zmieniona w zgodzie z innymi partiami komunistycznymi; prowadzono kampanie na rzecz pokoju, opisując wojnę jako imperializm po obu stronach, wobec którego klasa robotnicza powinna być opozycyjna. Przeciwni tej polityce byli Harry Pollitt i JR Campbell, redaktor The Daily Worker, obaj zostali zwolnieni ze swoich obowiązków w październiku 1939. Pollitt został zastąpiony przez Palme Dutt. Od 1939 do 1941 CPGB był bardzo aktywny we wspieraniu strajków i potępianiu rządu za jego udział w wojnie.
Jednak, gdy w 1941 hitlerowskie Niemcy zaatakowały Związek Radziecki, CPGB poparła udział Wielkiej Brytanii w wojnie przeciwko Rzeszy, uznając że wojna ta jest toczona między faszyzmem a Związkiem Radzieckim. Pollitt został przywrócony do swojej dawnej pozycji jako sekretarz partii. Partia poparła Rząd Narodowy, kierowany przez Winstona Churchilla i Klemensa Attlee. Patriotyczna postawa CPGB doszła aż do tego stopnia, że w 1943 w wyborach w Cardiff partia wspierała kampanię na rzecz kandydata Partii Konserwatywnej przeciwko Fenner'owi Brockway, kandydatowi Niezależnej Partii Pracy.