Po II wojnie światowej klasztor został przekazany Instytutowi Inżynierów Budownictwa, cerkiew pozostawała nieczynna i ulegała stopniowej dewastacji. Po rozpadzie ZSRR obiekty odzyskała rzymskokatolicka diecezja wileńska, sprowadzając do nich ponownie bazylianów z Ukrainy. Podjęto wówczas remont cerkwi i monasteru, stopniowo przywracając świątynię do użytku liturgicznego, wstawiając zupełnie nowe wyposażenie. Pomieszczenia klasztorne częściowo nadal należą do uczelni, w części zostały zaadaptowane na hotel. Od 2009 w dobudowanym do cerkwi budynku eksponowana jest wystawa poświęcona pobytowi Adama Mickiewicza w Wilnie i rekonstrukcja Celi Konrada (dawna cela znalazła się na terenie hotelu).
Historia Klasztor prawosławny (do XVI w.) 200px|right|thumb|Zniszczony fresk z postaciami męczenników wileńskich i rosyjska tablica ku ich pamięci na frontowej ścianie cerkwi Trójcy Świętej Pierwszą, drewnianą cerkiew na miejscu, gdzie powstał następnie monaster, wzniosła po 1349, a przed 1392 Julianna Twerska, druga żona wielkiego księcia litewskiego Olgierda.