Biskup warszawski Arseniusz prowadził również działalność ukierunkowaną na pozyskiwanie nowych wiernych spośród katolików.
Po upadku powstania styczniowego na terenie Królestwa Kongresowego nasilona została akcja rusyfikacyjna. Na terenie eparchii warszawskiej, podobnie jak w sąsiadujących eparchiach mińskiej oraz wileńskiej doszło do konfiskat kościołów katolickich z przeznaczeniem na cerkwie prawosławne. Arcybiskup warszawski Joannicjusz uzyskał także wsparcie materialne od Świątobliwego Synodu Rządzącego na budowę zupełnie nowych prawosławnych świątyń. Do 1868 liczba parafii eparchii wzrosła do 60, jednak nie szedł za nią wzrost liczby wiernych.
Po stłumieniu powstania styczniowego carska administracja Królestwa Kongresowego podjęła również działania na rzecz ostatecznej likwidacji Kościoła unickiego. W 1875, po kilkuletniej kampanii upodabniania praktyki liturgicznej parafii unickiej diecezji chełmskiej do obrzędów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, doszło do jej ostatecznej likwidacji. Wszystkich wiernych i duchowieństwo diecezji włączono do Cerkwi Rosyjskiej.