Byłe parafie unickie (w liczbie 276) zgrupowano w odrębnym wikariacie lubelskim zarządzanym przez biskupa pomocniczego eparchii warszawskiej, która w 1875 zmieniła nazwę na chełmsko-warszawska.
Mianowany w 1875 arcybiskup chełmski i warszawski Leoncjusz kontynuował również działalność budowlaną, wznosząc na terenie eparchii kilkanaście cerkwi. Zainicjował również wydawanie pisma Chołmsko-Warszawskij Jeparchialnyj Wiestnik i podzielił administraturę na osiemnaście dekanatów. Nowe cerkwie wznoszone były również w czasie sprawowania urzędu przez biskupa Flawiana. Obydwaj biskupi zdecydowanie zwalczali lokalne tradycje liturgiczne pochodzenia unickiego, funkcjonujące na ziemi chełmskiej mimo siłowej konwersji na prawosławie. W rezultacie byli unici, formalnie wierni prawosławni, nie czuli się związani z nowym wyznaniem. Następca Flawiana, Hieronim, w tolerancyjny sposób traktował byłych unitów i nie przeciwstawiał się przechodzeniu na katolicyzm obrządku łacińskiego po wydaniu w 1905 ukazu tolerancyjnego. W 1905, także w celu zahamowania tego procesu, eparchia chełmsko-warszawska została podzielona na eparchię warszawską i nadwiślańską oraz chełmską, która objęła gubernie lubelską i siedlecką. W 1915 duchowieństwo prawosławne zostało ewakuowane z Królestwa Kongresowego, w ucieczce przed marszem niemieckim przeciw Rosji.