W 1530 r. po kilku latach spędzonych przez cesarza w Hiszpanii, Valdés wraz z dworem pojechał do Niemiec. W Augsburgu, gdzie Karol V usiłował doprowadzić do pojednania protestantów z Rzymem, jako sekretarz cesarski miał okazję do kontaktów z wybitnymi reformatorami, jak np. Filip Melanchton. W 1531 r. otrzymał od cesarza nominację na zarządcę archiwów królewskich w Neapolu. Alfonso obawiał się powrotu do Hiszpanii, gdzie jego poglądy mogły sprowadzić na niego prześladowania Inkwizycji, i podobnie jak jego brat Juan wolał pozostać w bezpieczniejszych dla niego Włoszech. Przed objęciem nowego stanowiska udał się jednak jesienią 1532 r. wraz z dworem cesarskim do Wiednia. Gdy w mieście wybuchła epidemia dżumy, znalazł się wśród jej ofiar.
Poglądy i dzieła Alfonso de Valdés jest najwybitniejszym przedstawicielem hiszpańskiego erazmizmu – nurtu humanizmu zainspirowanego myślą Erazma z Rotterdamu – który w latach dwudziestych i trzydziestych XVI wieku dominował wśród przedstawicieli hiszpańskich elit otaczających Karola V. Erazmiści byli zwolennikami reformy Kościoła;