Faza wczesnoharappańska Około 6. tysiąclecia p.n.e. we wczesnych osadach rolniczych pojawiły się pierwsze wyroby ceramiczne, a w 3. tys. p.n.e. narzędzia miedziane, co stanowi cezurę fazy przejściowej pomiędzy epokami kamienia i brązu, zwaną chalkolitem. Do tego okresu zalicza się kultury Kulli, Zhob i Kweta z obszaru środkowego dorzecza Indusu, a z dolnej jego części kulturę Amri. Ta ostatnia uznawana jest za bezpośrednią prekursorkę cywilizacji harappańskiej (lub harapskiej), ponieważ to tutaj według badaczy dokonała się pierwsza faza urbanizacji.
Ośrodki protomiejskie wczesnego okresu (3500–2600 p.n.e.) odróżniają od poprzedzających je osad rolniczych większe rozmiary budynków i ujednolicenie ich konstrukcji. Na stanowisku archeologicznym Kot Didżi pojawiła się również pierwsza obronna cytadela, a jakość odnalezionych artefaktów stoi na znacznie wyższym poziomie, zaobserwować można także pierwsze przedmioty zbytku.