W 1932, w ramach ogólnej reformy szkolnictwa, seminarium w Wilnie zostało przekształcone w Liceum Teologiczne łączące program liceum ogólnokształcącego z nauczaniem przedmiotów teologicznych. W roku szkolnym 1935/1936, po naradach państwowo-kościelnych, obie strony zgodziły się na likwidację seminarium wileńskiego (jak i analogicznej placówki w Krzemieńcu) i zastąpienie jej przez jedno Liceum Teologiczne w Warszawie. Proces ten nie doszedł do skutku z powodu wybuchu II wojny światowej.
II wojna światowa Seminarium zostało zlikwidowane po aneksji Litwy do ZSRR w 1940, podobnie jak wszystkie inne placówki kształcące duchownych poszczególnych wyznańОсобенности репрессий духовенства Литвы в 1939 – 1958 г.г. и «собственноручные показания» о.Евгения Насекайло.
W 1944 egzarcha Krajów Bałtyckich metropolita Sergiusz zorganizował w jego zastępstwie trzysemestralne kursy teologiczne, których celem było kształcenie kapłanów na potrzeby parafii na Litwie, Łotwie i w Estonii, jak również na potrzeby Pskowskiej Misji PrawosławnejSzlewis G., Православные храмы Литвы, Свято-Духов Монастыр, Vilnius 2006, , s. 29–31. Kierownikiem kursów został były profesor seminarium duchownego w Moskwie protoprezbiter Wasilij Winogradow, a następnie ostatni przedwojenny rektor seminarium Józef Dziczkowski.