W trakcie operacji wymordowano funkcjonariuszy i urzędników poprzedniego ustroju.
Książę Sihanouk został początkowo głową państwa Czerwonych Khmerów, po tym jednak, gdy trafił do aresztu domowego, został zastąpiony przez Khieu Samphana, któremu wyznaczono funkcję prezydenta. Stanowisko premiera objął Pol Pot. Faktyczną władzę sprawowały zakonspirowane struktury organizacji (Angkar Leu). Rząd Czerwonych Khmerów natychmiast przystąpił do realizacji ekstremistycznego programu politycznego. W ramach akcji zwalczania wpływów cywilizacji zachodniej, planowano przekształcić Kambodżę w kraj rolniczy i samowystarczalny.
Kraj został odcięty od świata, a odwiedzić go mogły jedynie nieliczne zagraniczne delegacje (których wizyty miały charakter czysto propagandowy i były starannie reżyserowane). W polityce zagranicznej jedyne relacje utrzymywano z Chinami i sąsiednią Tajlandią.