17 stycznia 1930 został aresztowany w Leningradzie i skazany na pięć lat łagru. W sierpniu 1930 został przewieziony z więzienia w Leningradzie do łagru urządzonego w dawnym Monasterze Sołowieckim. Jego żona już wówczas nie żyła; przebywając w łagrze duchowny w tajemnicy złożył wieczyste śluby mnisze, przyjmując imię Serafin na cześć świętego mnicha Serafina z Sarowa. Po odbyciu kary został skierowany na osiedlenie na północy Rosji europejskiej. Utrzymywał osobiste i listowne kontakty z mniszkami założonej przez siebie w Charkowie wspólnoty.
W 1941 otrzymał zgodę na zamieszkanie w Obojaniu, lub według innych źródeł przeniósł się do tego miasta nielegalnie. Przypadkowo dowiedział się o istnieniu w tym mieście nielegalnej żeńskiej wspólnoty monastycznej, którą odtąd opiekował się duchowo. W grudniu 1941 wrócił do Charkowa. W zgromadzonej wokół niego grupie kobiet (nielegalnym monasterze Ikony Matki Bożej „Poszukiwanie Zaginionych”) żyło około czterdzieści mniszek, od których sam przyjmował śluby zakonne. Latem 1943 duchowny opuścił Charków razem z rodziną swojej córki Lidii, udając się na zachód razem z wycofującymi się wojskami niemieckimi.