Kariera w ministerstwie W latach 1931–1939 pracował jako kierownik departamentu Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. Jego dyrektorem i bezpośrednim zwierzchnikiem był Franciszek Salezy Potocki, którego Janusz Woliński ze względu na wiedzę merytoryczną i zdolności mediacyjne wielokrotnie zastępował i wyręczał w skomplikowanych obowiązkach urzędniczych.
Obowiązkami Wolińskiego było między innymi przygotowywanie opracowań prasowych i naukowych jak też prowadzenie negocjacji z przedstawicielami kościołów obecnych w życiu politycznym, społecznym i kulturalnym kraju. Woliński wykazywał się znajomością skomplikowanej problematyki prawnej i wyznaniowej, z łatwością “ogarniając całokształt polityki wyznaniowej państwa” polskiego. Dewizą Profesora była zatem “zasada harmonijnego współżycia z mniejszościami narodowymi w ówczesnym państwie”, a więc utrzymanie stabilnych i godnych warunków życia dla milionów mieszkańców Drugiej Rzeczypospolitej.