II wojna światowa W czasie okupacji Janusz Woliński pracował jako bibliotekarz – najpierw w Bibliotece Ordynacji Krasińskich, później w Bibliotece Ordynacji Zamoyskich. Jednak głównie w tym czasie był zaangażowany w tajne nauczanie historii Polski i dziejów powszechnych. Lekcje zazwyczaj prowadził w warszawskich mieszkaniach na tajnych kompletach oraz na studiach Uniwersytetu Warszawskiego i Uniwersytetu Ziem Zachodnich w Warszawie, Milanówku i Częstochowie.
Rozwój kariery naukowej na Uniwersytecie Warszawskim Od 1945 był związany z Uniwersytetem Warszawskim. Najpierw pełnił funkcję zastępcy profesora Uniwersytetu Warszawskiego, a w 1947 otrzymał nominację na profesora nadzwyczajnego. W 1958 mianowano go profesorem zwyczajnym. Woliński prowadził wykłady oraz seminaria z historii nowożytnej. Przez wiele lat kierował uniwersytecką Katedrą Historii Nowożytnej. Był promotorem 120 magistrantów historii i 20 doktorów nauk humanistycznych, w tym kilkunastu samodzielnych pracowników nauki i nauczycieli akademickich. Profesor Woliński był znanym i cenionym popularyzatorem historii dawnej Rzeczypospolitej, czasów panowania Jana III Sobieskiego, czy dziejów Warszawy. W latach 1945–1952 wznowił i redagował czasopismo naukowe „Przegląd Historyczny”. Będąc już na emeryturze, profesor nadal był aktywny zawodowo.