Działalność syjonistyczna W Kolonii został członkiem organizacji Chowewej Syjon. W 1893 roku wraz z Maksem Bodenheimerem założył Stowarzyszenie Kolonizacyjne na rzecz promocji rolnictwa i rzemiosła w Palestynie (niem Kölner Verein zur Förderung von Ackerbau und Handwerk in Palästina). Rok później założyli Syjonistyczne Stowarzyszenie Niemiec (niem Zionistische Vereinigung für Deutschland). Gdy w lutym 1896 roku Theodor Herzl opublikował swój słynny artykuł „Państwo żydowskie” (niem. Der Judenstaat), Wolffsohn został jego zwolennikiem. Już 26 kwietnia spotkał się w Wiedniu z Herzlem, któremu zaoferował współpracę i otworzył dostęp do niemieckiego oddziału Chowewej Syjon. Obaj szybko się zaprzyjaźnili, a ich związek był tak silny, że Wolffsohn był nawet opiekunem dzieci Herzla.

Wolffsohn był aktywnie zaangażowany w organizację w 1897 roku Pierwszego Kongresu Syjonistycznego w Bazylei. Od tego czasu należał do grona najbardziej aktywnych liderów Światowej Organizacji Syjonistycznej. Wspierał Herzla szczególnie w sprawach biznesowych, organizując strukturę finansową Żydowskiego Trustu Kolonialnego. Zdecydowane i twarde postępowanie Wolffsohna pomagało Herzlowi w kierowaniu krajowymi oraz międzynarodowymi strukturami ruchu syjonistycznego.