Przekształcanie Morotai w aliancką bazę rozpoczęło się wkrótce po inwazji. Dwa główne lądowiska były gotowe do użycia już w październiku. Wraz z innymi urządzeniami bazy na Morotai, odegrały ważną rolę w kampanii wyzwolenia Filipin w latach 1944–1945. Okręty podwodne oraz samoloty bazujące na Morotai, nękały japońskie pozycje w Holenderskich Indiach Wschodnich. Urządzenia tutejszej bazy były następnie wykorzystywane w prowadzonej przez Australię kampanii na Borneo w 1945 roku. Morotai pozostało ważnym hubem logistycznym oraz centrum dowodzenia do momentu przywrócenia przez Holandię swojej władzy kolonialnej w Indiach Wschodnich.
Tło Morotai jest najbardziej na północ wysuniętą wyspą w grupie Moluków, we wschodniej Indonezji. Wnętrze wyspy jest w większości górzyste i porośnięte gęstą dżunglą. Równina Doroeba w południowo-zachodniej części wyspy jest największą spośród kilku tutejszych nizin. Przed wybuchem II wojny światowej wyspa miała około 9 tysięcy mieszkańców, a sama Morotai nie była rozwinięta gospodarczo. Jako część Holenderskich Indii Wschodnich, była rządzona przez Holendrów poprzez Sułtanat Ternate.