Japończycy zajęli ją w czasie podboju holenderskiej kolonii na początku 1942 roku, ale nie była dla nich ważna z punktu widzenia wojskowego, ani gospodarczego.
mały|Konwój Take-Ichi Na początku 1944 roku znaczenie strategiczne wyspy dla sił zbrojnych Japonii wzrosło, gdy sąsiednia wyspa Halmahera (największa wyspa archipelagu), zaczęła być przekształcana w ważny punkt obrony południowego podejścia do Filipin. W maju 1944 roku 32 Dywizja Cesarskiej Armii Japońskiej przybyła na Halmaherę, aby bronić wyspy i znajdujących się na niej dziewięciu lądowisk. Dywizja poniosła znaczne straty, gdy transportujący ją z Chin konwój (tzw. Konwój Take-Ichi) został zaatakowany przez amerykańskie okręty podwodne. Dwa bataliony 211 Pułku Piechoty należącego do 32 Dywizji zostały początkowo rozlokowane na Morotai. Ich zadaniem była rozbudowa lądowiska na równinie Doroeba. Oba bataliony zostały wycofane na Halmaherę w połowie lipca, w związku z problemami z odwodnieniem lądowiska. Alianccy kryptolodzy wykryli słabość obrony obu wysp, co zostało wykorzystane przy planowaniu ofensywy przeciwko Japończykom.