Zarządzanie Rozgrywka strategiczna polega na ogólnym zarządzaniu całą organizacją. Sponsorami jest 16 państw świata, które zwiększają lub zmniejszają fundusze w zależności od reakcji gracza na proponowane przez nie misje. Zlekceważenie kilkakrotnie wezwania danego państwa do podjęcia akcji na jej terenie ostatecznie może powodować wycofaniem jego wpływów.
XCOM ma swoją siedzibę pod ziemią, ekran gry przedstawia jej przekrój. Zarządzanie polega na budowaniu kolejnych podziemnych konstrukcji, badaniach naukowych w laboratoriach oraz produkcji sprzętu tj. broni, pancerza, statków z dodatkowym wyposażeniem lub też w późniejszej części gry usprawnień tego, co jest już w posiadaniu żołnierzy. Produkcja części sprzętu musi być poprzedzona jego wcześniejszymi badaniami. Badania mogą obejmować części statków kosmitów, ich uzbrojenia, czy też wykonywanie ich sekcji zwłok.