Na przełomie 1938 i 1939 roku odbył staż naukowy w Berlinie, jako stypendysta Funduszu Kultury Narodowej.
W grudniu 1939 roku, po likwidacji przez władze litewskie Uniwersytetu Stefana Batorego, pracował przez pewien czas jako lekarz szkolny, utrzymywał się także z naprawy obuwia. Opiekował się również mieniem uniwersyteckim w Collegium Czartoryskich. Od 1940 roku był asystentem przeniesionego z Kowna Zakładu Anatomii Uniwersytetu Witolda Wielkiego. Po wkroczeniu do Wilna wojsk niemieckich i zamknięciu uniwersytetu, pracował jako lekarz wiejski, w latach 1942–1943 także lekarz wileńskich szkół powszechnych. Od 1940 roku brał udział w tajnym nauczaniu w ramach konspiracyjnych studiów zorganizowanych przez byłych wykładowców Uniwersytetu Stefana Batorego z profesorem Reicherem jako dziekanem Tajnego Wydziału Lekarskiego. We wrześniu 1943 roku został aresztowany przez gestapo i osadzony w charakterze zakładnika w obozie ciężkich robót w Prowieniszkach, skąd po niemal miesiącu wykupiła go rodzina. Powrócił do pracy lekarza wiejskiego, udzielając także pomocy lekarskiej działającym w okolicy Wilna oddziałom partyzanckim Armii Krajowej.