Gdy w kwietniu 1991 roku, Sega wydała swój system w Europie Zachodniej i Stanach, Atari wypuściło latem 1991 roku w Ameryce nową, poprawioną wersję urządzenia, w innej cenie. Lynx II poprawił niektóre błędy poprzednika jak zmniejszenie urządzenia, wydłużenie czasu działania do 6 godzin, zmieniono obudowę, dodano dźwięk stereo.. Pomimo tych usprawnień system dalej nie potrafił nadgonić konkurencji, sprzedając do początku 1994 roku 3 miliony urządzeń, gdy Sega udostępniła do tego czasu 4 miliony sztuk a Nintendo aż 17 milionów sztuk. Od 1993 roku, Lynx II zaczął tracić na znaczeniu z powodu nowej, 64-bitowej konsoli Atari Jaguar, która stała się głównym produktem w dziedzinie rozrywki domowej tego amerykańskiego przedsiębiorstwa. Konsolę wspierano do początku 1996 roku, gdy Atari zakończyło swoją działalność z wynikiem od 3 do 5 milionów udostępnionych przenośnych konsol.
W Polsce pierwszy model zadebiutował w 1991 roku a prasa określiła produkt najbardziej udaną konsolą Atari oraz wróżyła mu świetlaną przyszłość, zarówno w kraju jak i na świecie. W 1993 roku w dystrybucji pojawił się Lynx II, reklamowany hasłem "Przestaw się na kolor" a czasopisma jako jedne wady wymieniały krótki czas pracy i słabą dostępność.