II wojna światowa i okres powojenny 6 listopada 1939 uniknęła aresztowania. Została aresztowana przez Niemców 9 listopada 1939 roku i rychło zwolniona. W latach okupacji mieszkała w podkrakowskiej wsi Luborzyca, biorąc udział w tajnym nauczaniu i kontynuując własne prace badawcze.
Po przerwie wojennej w kwietniu 1945 roku wznowiła prowadzenie zajęć na UJ. Jesienią 1947 roku komunistyczne władze oświatowe usunęły ją z uczelni pod pretekstem osiągnięcia wieku emerytalnego, a krakowską indianistykę zlikwidowały, powołując na jej miejsce Katedrę Językoznawstwa Ogólnego. Nieformalnie kontynuowała pracę na uczelni do 1951 roku, kiedy po wielu zabiegach środowiska akademickiego przyznano jej wreszcie uposażenie emerytalne. Ze studentami spotykała się prywatnie aż do śmierci w 1957 roku. Po październikowej odwilży, w czerwcu 1957 roku formalnie przywrócono jej prawo nauczania, na co jednak nie pozwalał jej już stan zdrowia.
Zmarła w Krakowie, lecz pochowana została na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie w jednym z grobów rodziny Grabowskich, gdzie spoczywają również jej matka, babka i syn (kwatera K, rząd 3, grób 22).