Prawda zostaje ostatecznie podana do wiadomości publicznej. Szybko podjęte zostają kroki mające na celu unicestwienie Godzilli – na wody wyruszają statki zrzucające bomby głębinowe. Doktorowi Yamane nie podoba się taka sytuacja. Uważa, że Godzilla nie powinien zostać zabity, a stać się obiektem badań, ponieważ taka szansa już nigdy się nie powtórzy.
W nocy Godzilla wyłania się z wód w rejonie Zatoki Tokijskiej. Po chwili potwór powraca w odmęty wód, powodując jednak panikę wśród mieszkańców Japonii. Następnego dnia Yamane zapytany zostaje, czy potwora da się jakoś unicestwić, ten jednak odpowiada, że jest to niemożliwe, skoro przeżył tak silne napromieniowanie. Wierzy, że zamiast tego należy go oszczędzić, aby dowiedzieć się, w jaki sposób udało mu się przeżyć.
Córka Yamane, Emiko, odwiedza współpracownika swojego ojca, doktora Daisuke Serizawę, by poinformować, że chce zerwać ich zaaranżowane zaręczyny. Serizawa, mimo tego przedstawia jej swój sekretny projekt naukowy. Zszokowana tym co zobaczyła, dziewczyna opuszcza Serizawę przyrzekając, że nikomu nie powie o jego tajemnicy.