Samodzielne panowanie W 1568 roku, w wieku 15 lat Sebastian objął samodzielne rządy. Władca zaakceptował propozycję od legata papieskiego o dołączeniu do krucjaty przeciwko Imperium Osmańskiemu. Król również chciał wysłać 400 tys. cruzados do króla francuskiego – Karola IX na walkę z hugenotami.
W 1574 wyruszył na swoją pierwszą wyprawę przeciwko Maurom. Władca ze wsparciem liczące około 1200 żołnierzy planował podbój Maroka. Portugalczycy uznali ten ruch za lekkomyślny, a w kraju rozprzestrzenił się niepokój o życie młodego króla. Przez problemy wewnętrzne w państwie, armia marokańska nie była w stanie wydać bitwy siłom portugalskim. Zniechęcony król udał się do Tangeru a Marokańczycy, dowiedziawszy się o planach króla, zgromadzili jednostki kawalerii poza miastem. Mimo przeważającej liczby armii po stronie Maroka, Sebastian postanowił przyjąć bitwę. Walki trwały do zmierzchu, a wynik bitwy był nierozstrzygnięty. Władca, przekonany o swoim zwycięstwie, wrócił do kraju, by zaplanować następną krucjatę.
Wojna z Marokiem i śmierć