Do Warszawy powrócił w marcu 1945 i zaangażował się w prace nad uruchomieniem Wydziału Inżynierii Politechniki Warszawskiej. Od 1945 pełnił przez cztery lata funkcję radcy w Głównym Urzędzie Planowania Przestrzennego przy Ministerstwie Odbudowy. W 1946 Czesławowi Zakaszewskiemu powierzono kierowanie Katedrą Melioracji Rolnych, przez dwa lata był zastępcą profesora, 24 lipca 1948 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego. W 1949 został powołany na stanowisko rzeczoznawcy w Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego i sprawował ją do 1956. Od tego roku został również członkiem korespondentem Towarzystwa Naukowego Warszawskiego. W 1950 został członkiem Państwowej Rady Ochrony Przyrody, a dwa lata później wszedł w skład Komitetu Gospodarki Wodnej przy Polskiej Akademii Nauk oraz do Rady Naukowo-Technicznej w Ministerstwie Rolnictwa. Od śmierci prof. Leona Staniewicza w 1953 Czesław Zakaszewski kierował również Katedrą Gleboznawstwa, równocześnie powołano go na członka honorowego Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Wodnych i Melioracyjnych. W 1954 rozpoczął prowadzenie wykładów na Katedrze Geodezji i Kartografii. W 1957 został powołany na rzeczoznawcę w Ministerstwie Żeglugi i Gospodarki Wodnej.