Misja pracowała w warunkach stałego chaosu organizacyjnego. Np. w wyniku nieżyczliwego stosunku koalicjantów komórki terenowe Wydziału Konsularnego Misji były zmuszone funkcjonować w poszczególnych sektorach w strukturach poszczególnych organów własnych, jak i zależnych. Referat Konsularny PMR w Lipsku, przy Wächterstraße 32 (1946–1952)W b. siedzibie Konsulatu RP (do 1939). Delegatura Konsularna PMR w Bad Oeynhausen (od 1946) Punkt Konsularny w Hamburgu (od 1946) Agencja Konsularna PMW w Meppen Agencja Konsularna PMW w Lubece
Od 1948 placówki konsularne funkcjonowały w: Düsseldorfie, Frankfurcie nad Menem, Hanowerze, Hamburgu, Rastatt.
Organy koordynowane przez Polską Misję Wojskową w Berlinie Polskie Misje Repatriacyjne (Polnische Mission für Repatriierung) w poszczególnych strefach (1946–1947) w radzieckiej strefie okupacyjnej – w Berlinie – Kaulsdorf, Berlinie – Kaiserdamm, Magdeburgu i Weimarze, w brytyjskiej strefie okupacyjnej – w Bad Oeynhausen/Bad Salzuflen, wraz z punktami w Hamburgu, Bochum, Brunszwiku i Lubece, później w Bad Salzuflen, oddziałami w Lubece, Iserlohn, Hanowerze, i oficerami w Bergedorf, Celle, Diepholz, Heidenheim, Hilden, Lippstadt, Meppen, Minden, Oldenburgu, Salzgitter, Wolfsburgu, w amerykańskiej strefie okupacyjnej – we Frankfurcie nad Menem, wraz z Agencją Konsularną w Monachium,