Cerkiew Podwyższenia Krzyża Pańskiego, z uwagi na liczne prześladowania ze strony władz państwowych i zamykanie innych obiektów sakralnych na Uralu, stała się de facto soborem katedralnym eparchii. Była wówczas nazywana nieoficjalnie soborem Dwunastu Apostołów (ros. Собор двенадцати апостолов). Posługiwało przy niej dwunastu duchownych. W tej roli cerkiew działać miała do 1930. 12 lutego 1930, decyzją władz miejskich SwierdłowskaW 1924 Jekaterynburg został przemianowany na Swierdłowsk, którą to nazwę nosił do 1991., świątynia została zamknięta. Wierni zostali administracyjnie przydzieleni do parafii działającej przy soborze św. Aleksandra Newskiego.
Władze sowieckie zniszczyły charakter sakralny obiektu. Wyburzone zostały charakterystyczna dzwonnica oraz kopuła cerkwi. Do bryły dawnej świątyni dobudowano także ceglany aneks. Los przechowywanych tu relikwii jest nieznany. Najprawdopodobniej zostały zniszczone lub znajdują się w magazynach Swierdłowskiego Obwodowego Muzeum Krajoznawczego. Przed 1941 pomieszczenia dawnej cerkwi były wykorzystywane jako sala kinowa. Jeszcze w 1929 zniszczony został całkowicie pobliski cmentarz, na którego terenie rozpoczęto budowę Swierdłowskiego Zoo.