Według wierzeń starożytnych plemion, każde terytorium było strzeżone przez jakieś lokalne bóstwo, dlatego też ludność przesiedlona do Samarii uzupełniła swoje praktyki religijne o kult Boga Jahwe. W późniejszym czasie wskutek podboju babilońskiego również mieszkańcy południowego dwuplemiennego królestwa Judy zostali wysiedleni. Kiedy więc ci wygnańcy powrócili, lud Samarii poprosił ich o zgodę na udział przy odbudowie świątyni jerozolimskiej. Jednak społeczność żydowska pod przewodnictwem Ezdrasza i Nehemiasza odmówiła Samarytanom możliwości sprawowania wspólnego obrządku religijnego w Jerozolimie ze względu na synkretyzm religijny Samarytan. Doprowadziło to około 330 roku p.n.e. do budowy świątyni przez Samarytan na potrzeby swojego kultu na górze Garizim. W 128 roku p.n.e. Samarytanie zostali zaatakowani przez hasmonejskiego króla Jana Hirkana a ich świątynia, będąca dla Żydów symbolem bałwochwalstwa, została zniszczona.
Samarytanie uznawali jedynie pierwszych pięć ksiąg Starego Testamentu i na swoje potrzeby od około IV wieku opracowali własną wersję Tory.