Biskup brał w tym czasie aktywny udział w akcji mającej na celu zapewnienie dwuletniemu przyrodniemu bratu Zygmuntowi Augustowi sukcesji na Litwie, co miało umocnić pozycję Jagiellonów również w Polsce. Spory nabrały takiej temperatury, że 22 listopada 1522 r., podczas sprzeczki, wojewodzic Stanisław Radziwiłł rzucił się z szablą na biskupa, którego obronił Piotr Kmita i skończyło się tylko na zranieniu palca zaatakowanego. 4 grudnia 1522 r. rada panów litewskich złożyła przysięgę królewiczowi jako następcy tronu wielkoksiążęcego. Stosunki Jana z możnymi litewskimi były tak złe, że prosił on ojca o mianowanie go na jakieś inne biskupstwo, wspominał o płockim czy krakowskim. Akurat w tej sprawie litewscy panowie gorąco popierali jego starania. Król Zygmunt odmówił jednak prośbom.
„Namiestnik” królewski Biskup w coraz większym stopniu stawał się faktycznym zastępcą ojca na Litwie. Utrzymywał bliskie kontakty z „legalną” rodziną. W 1525 r. wraz z Zygmuntem Starym i królową Boną odbył pielgrzymkę do Szczepanowa, miejsca urodzin św. Stanisława biskupa. Z królową Boną łączyły go wręcz przyjacielskie stosunki.