Życiorys Kurt Gerstein urodził się w Münster w Westfalii jako szóste (z siedmiorga) dziecko luterańskiego sędziego, niemieckiego nacjonalisty Ludwiga Gersteina i Klary z domu Schmemann. Okres dojrzewania przypadał na ostatnie lata Republiki Weimarskiej i nastanie reżimu nazistowskiego. Matkę stracił w młodości. Ze względu na charakter pracy ojca, który w sądownictwie osiągnął stanowisko prezesa sądu okręgowego, a na drodze zawodowej odnotował stosunkowo dużo awansów i transferów, Kurt wraz z rodziną kilkukrotnie zmieniał miasta zamieszkania. W latach 1905–1911 mieszkał w Münster, 1911–1919 w Saarbrücken, 1919–1921 w Halberstadt, a w 1921 rodzina przeprowadziła się do Neuruppin koło Berlina. Od 1925 Kurt był bardzo zaangażowany w działania chrześcijańskich grup młodzieży. W 1925 ukończył lokalne gimnazjum im. Friedricha-Wilhelma i rozpoczął studia (ekonomia, prawo, matematyka, fizyka, chemia) na Philipps-Universität Marburg w Marburgu, by po dwóch latach przenieść się do instytutu RWTH Aachen, a zakończyć studia na Uniwersytecie Technicznym w Berlinie-Charlottenburgu. Dyplom inżyniera uzyskał w 1931 w Berlinie. W tym samym roku zmarła jego matka, Klara Gerstein. Od października 1932 Kurt kierował młodzieżowym biblijnym ruchem ewangelickim w Niemczech. W 1934 organizację tę rozwiązano. 2 maja 1933 r.