wstąpił do NSDAP (legitymacja członkowska nr 2136174), a w październiku do Sturmabteilung (SA), pozostając w protestanckim ruchu młodzieżowym.
thumb|upright=1.2|Okładka misyjnej broszury autorstwa Kurta Gersteina „Um Ehre und Reinheit” (1937) Niemieckie władze rozwiązywały różne organizacje kościelne, a innym zakazały działalności. Gerstein sprzeciwiał się działalności pronazistowskiego, powstałego w 1932 w łonie niemieckiego protestantyzmu ruchu religijnego Niemieccy Chrześcijanie (Deutsche Christen). Ruch dążył do egzekwowania światopoglądu Trzeciej Rzeszy w kościołach. Gerstein pisał i dystrybuował religijne broszury skierowane do młodzieży niemieckiej. W powojennym raporcie wspominał, że wysłał łącznie około 230 tys. takich antynazistowskich broszur. Gestapo nazywało takie działania „skoncentrowanym, systematycznym i zorganizowanym masowym literackim atakiem na Narodowe Państwo Socjalistyczne”. W grudniu 1933 Gerstein rozesłał do biskupów niemieckich telegramy wzywające do protestu wobec działalności Deutsche Christen. Gerstein finansował te działania z własnych środków. W samym tylko 1931 roku poświęcił na ten cel ⅓ swojego rocznego dochodu (18 000 RM), który w większości pochodził z udziałów w rodzinnym przedsiębiorstwie jego matki – De Limon Fluhme & Co.