Inicjatorką powstania szpitala, jak i wspomnianych klasztorów tworzących kompleks zwany Czeskim Asyżem, była księżna Agnieszka wrocławska z dynastii Przemyślidów - córka księcia śląskiego, krakowskiego i wielkopolskiego Henryka ll Pobożnego i Anny, córki króla Czech Przemysła l Ottokara; późniejsza święta Kościoła katolickiego. Do tego szpitala wprowadziła ona pielęgniarzy, przypuszczalnie członków bractwa szpitalnego, działającego w okolicy. Następnie w 1235 księżna doprowadziła do utworzenia drugiego szpitala (który otrzymał za patrona św. Franciszka) przy kościele św. Piotra na Poryczu w Pradze, wcześniej (w 1233) odkupionego przez matkę Agnieszki od zakonu krzyżackiego i ofiarowanego bractwu. Szpital ten był początkowo zależny od pobliskiego klasztoru klarysek.
Na prośbę Agnieszki papież Grzegorz IX w dniu 14 kwietnia 1237 wydał bullę protekcyjną Omnipotens Deus, w której wziął pod opiekę zgromadzenie i szpital, przekształcając jednocześnie bractwo w samodzielny zakon. Fundatorka szpitala i inicjatorka powstania zgromadzenia, w imieniu swojego klasztoru klarysek, zrezygnowała ze szpitala i przekazała go papieżowi 15 kwietnia 1238. Stało się to podstawą do przekazania szpitala przez papieża pracującemu w nim zgromadzeniu w dniu 27 kwietnia 1238.