trafił do niewoli radzieckiej 19 września, ale udało mu się zbiec. W październiku 1939 włączył się w Lublinie do działalności konspiracyjnej. Od listopada lub grudnia 1939 był komendantem Okręgu Lublin Narodowej Organizacji Wojskowej (NOW, początkowo pod nazwą Organizacja Wojskowa Stronnictwa Narodowego). We wrześniu 1941 został komendantem głównym NOW (po przejściu Bolesława Kozubowskiego do Związku Walki Zbrojnej). Za zgodą prezesa Stronnictwa Narodowego Stefana Sachy podjął rozmowy scaleniowe z Armią Krajową, reprezentowaną przez Stanisława Rostworowskiego i Antoniego Sanojcę. 3 listopada 1942 Rokicki wspólnie z prezesem Sachą wydał rozkaz scaleniowy i następnego dnia złożył przysięgę na ręce generała Stefana Roweckiego; jeszcze w listopadzie t.r. zostali zaprzysiężeni także komendanci okręgowi NOW. Rokicki w Armii Krajowej objął obowiązki inspektora Komendy Głównej na Okręg Krakowski i prowadził w Krakowie prace organizacyjne.